Bár a Bemer-terápia számos egészségügyi előnnyel járhat, fontos tisztában lenni azzal, hogy nem egy mindent megoldó csodaeszköz van a kezünkben, éppen ezért nem is mindenki számára ajánlott. Kevés kivétel van, amire nem jó a módszer, de három esetben kifejezetten kerüljük az alkalmazását.